Normalment, el nostre sistema immunològic reacciona davant d'agents invasors, com són les bactèries o els virus. A la majoria de les al·lèrgies, a més a més, el sistema immunològic reacciona davant una falsa alarma.

Quan una persona al·lèrgica entra en contacte amb l'al·lergogen per primera vegada, el seu sistema immunològic tracta aquest element com a invasor i es mobilitza per combatre'l. I ho fa creant gran quantitat d'un anticòs (proteïna que lluita contra la malaltia) anomenat immunoglobulina E, o IgE.

Cada anticòs IgE és específic d'un tipus d'al·lergogen. En el cas del pol·len, cada anticòs és específic d’un tipus de pol·len.

Quan l’al·lergogen troba el seu IgE específic, dóna el senyal a la cèl·lula perquè alliberi poderoses substàncies inflamatòries, com la histamina. Aquestes substàncies químiques actuen a diferents parts del cos, com ara el sistema respiratori, i causen els símptomes descrits de les al·lèrgies.

A les persones que no són al·lèrgiques, la mucosa nasal expulsa les partícules estranyes al coll, on són empassades o expulsades per la tos.

Quan l’al·lergogen és un aliment o un medicament, i es menja o s’injecta, o bé quan un insecte ens pica i ens inocula el verí, les substàncies passen a la sang i són transportades per la pell, on reaccionen amb els anticossos de l’al·lèrgia, cosa que fa que es dilatin els vasos sanguinis; llavors, l’escapament del líquid a nivell local causa la formació de crostes, o bé inflor.