Normalmente, nuestro sistema inmunológico reacciona ante agentes invasores, como las bacterias o los virus. En la mayoría de las alergias, además, el sistema inmunológico reacciona delante de una falsa alarma.

Cuando una persona alérgica entra en contacto con el alergógeno por primera vez, su sistema inmunológico trata este elemento como invasor y se moviliza para combatirlo. Y lo hace creando gran cantidad de un anticuerpo (proteína que lucha contra la enfermedad) llamado inmunoglobulina E, o IgE.

Cada anticuerpo IgE es específico de un tipo de alergógeno. En el caso del polen, cada anticuerpo es específico de un tipo de polen.

Cuando el alergógeno encuentra su IgE específico, da la señal a la célula para que libere poderosas sustancias inflamatorias, como la histamina. Estas sustancias químicas actúan en diferentes partes del cuerpo, como el sistema respiratorio, y causan los síntomas descritos de las alergias.

En las personas que no son alérgicas, la mucosa nasal expulsa las partículas extrañas a la garganta, donde son tragadas o expulsadas por la tos.

Cuando el alergógeno es un alimento o un medicamento, y se ingiere o se inyecta, o bien cuando un insecto nos pica y nos inocula el veneno, las sustancias pasan a la sangre y son transportadas por la piel, donde reaccionan con los anticuerpos de la alergia, lo cual hace que se dilaten los vasos sanguíneos; entonces, el escape del líquido a nivel local causa la formación de costras, o bien inflamiento.